APU może być używane w locie jako drugie źródło zasilania lub upuszczania powietrza, jeśli jeden z układów silnika nie działa. Jeśli zostanie tak użyty, może pozostawić smugę kondensacyjną w taki sam sposób, jak silniki, chociaż jak zauważa DeltaLima, jej spaliny są gorętsze, a powietrze za kadłubem jest bardziej turbulentne, więc zakres warunków, w których opuści smugę jest węższy niż dla silników.
I jest to sytuacja wyjątkowa, więc jest niezwykle rzadka. W większości przypadków APU jest wyłączane po uruchomieniu silników i włączane ponownie dopiero po wylądowaniu, ponieważ podczas pracy silniki zapewniają wszystko, czego potrzebuje samolot.
W B737NG (niższy samolot w rysunek), APU może być używane jako źródło upuszczania powietrza do 17000 stóp. Jest to zbyt niskie dla normalnego rejsu, ale jeśli system upustowy zawiedzie, piloci zejdą na tę wysokość i uruchomią APU, aby zapewnić klimatyzację na pozostałą część lotu do odpowiedniego pobliskiego lotniska. Może być również używany jako źródło zasilania do 41000 stóp, więc samolot może pływać z jednym generatorem niedziałającym i działającym APU.
W A320 (górny samolot na zdjęciu) APU może być używany razem z jednym systemem upustowym do 20000 stóp i do wytwarzania mocy do 41000 stóp. Zatem ponownie, samolot może pływać z jednym niedziałającym generatorem i działającym APU.
Jednak:
- Normalnie za APU i żadną za silnikami nie byłoby smugi, chyba że oba silniki uległy awarii i APU zostało uruchomione jako zapasowe źródło zasilania ( US1549 uruchomił APU, gdy silniki uległy awarii, chociaż jest mało prawdopodobne, że wystąpiła smuga kondensacyjna na tej wysokości).
- Smuga nie uruchamia się tuż za silnikami. Woda w wydechu potrzebuje trochę czasu na ostygnięcie i zamrożenie , zanim smuga stanie się widoczna.